Stones yang tampil pada pertandingan liganya yang ke-100 bersama City, memasukkan gol pertamanya dengan tandukan setelah meneruskan umpan silang matang dari Kevin de Bruyne pada menit ke-26.
Ilkay Gundogan menciptakan gol kedua City dari tendangan melengkung 11 menit setelah jeda sebelum Stones berada pada tempat yang benar untuk melesakkan tendangan kaki kiri ke gawang Palace pada menit ke-68.
Raheem Stirling memahkotai penampilan cemerlang City pada babak kedua dengan tendangan bebas tak tertahankan yang masuk ke sudut atas gawang lawan pada menit-menit terakhir.
Hasil seri sebelumnya antara pemuncak klasemen Manchester United dan juara bertahan Liverpool menjadi penyemangat besar bagi tim asuhan Pep Guardiola.
Baca juga: Seri 0-0 lawan Liverpool, MU tetap puncaki klasemen
Dan mereka berhasil memanfaatkannya dengan mencetak kemenangan liga kelima berturut-turutnya sehingga kini terpaut dua poin di bawah United dan menyimpan satu pertandingan lebih banyak.
Clean sheet ke-12 dari 15 pertandingan terakhir menjadi platform ketika para penyerang City kesulitan menciptakan gol.
Kemitraan Stones dengan Ruben Dias menjadi kunci di balik kesuksesan itu. Setelah menanti lima musim untuk gol pertamanya di Liga Premier sejak bergabung dengan City, Stones menciptakan dua gol dalam satu pertandingan.
Baca juga: John Stones membuat Manchester City sekeras batu karang
Baca juga: Guardiola senang John Stones bersinar lagi
Sedangkan Kevin De Bruyne membukukan assistnya yang ke-100 untuk City ketika operan dari kaki kanannya ke arah Stones berbuah gol pada menit ke-26.
City kini sudah mengemas 35 poin dari 17 pertandingan dan menyalip Leicester City karena unggul selisih gol, sedangkan Liverpool menduduki urutan keempat dengan koleksi 34 poin.
Palace tak beranjak pada posisi ke-13 dengan mengoleksi 23 poin dari 19 pertandingan, demikian Reuters.
Baca juga: Klopp tak tahu mengapa Liverpool jadi sulit ciptakan gol
Baca juga: Pemilik Manchester City beli trofi Piala FA