Kedua gol Haaland mengapit gol tendangan bebas kapten Dortmund Marco Reus, sedangkan Leverkusen hanya bisa membalas sekali melalui eksekusi penalti Lars Bender, demikian catatan laman resmi Liga Jerman.
Dortmund finis di urutan ketiga dengan 64 poin dan meraih tiket Liga Champions, sedangkan Leverkusen (52) di posisi keenam dan bakal tampil di Liga Europa musim depan.
Baca juga: Dortmund kunci empat besar selepas menang di Mainz
Pertandingan belum genap berlangsung lima menit saat Haaland mampu menyelesaikan umpan terobosan dari Reinier dengan sepakan kaki kiri yang membawa Dortmund memimpin.
Keunggulan itu bertahan hingga turun minum di tengah upaya Leverkusen membalas dan pada menit ke-51 Dortmund menggandakan keunggulan mereka ketika Reus melepaskan tendangan bebas akurat.
Dortmund terus menekan dan pada menit ke-84, Haaland mencetak gol ke-27 di Liga Jerman musim ini lewat sontekan jarak dekat di mulut gawang Leverkusen.
Leverkusen memperoleh gol hiburan lewat konversi tendangan penalti Bender semenit jelang bubaran.
Wolfsburg kalah, Frankfurt menang
Kendati sudah memastikan akan kembali ke Liga Champions setelah 2015/16, VfL Wolsburg harus menutup musim mereka dengan menelan kekalahan 2-3 saat menjamu FSV Mainz di Volkswagen Arena.
Mainz dua kali mendapati keunggulan mereka lewat Jean-Paul Boetius dan Robin Quaison selalu bisa disamakan oleh Wolfsburg melalui Maximilian Philipp dan Joao Victor.
Namun pada menit ke-77 Stefan Bell kembali merestorasi keunggulan Mainz ketika ia mengakhiri situasi sepak pojok dengan tandukan akurat menaklukkan kiper Pavao Pervan dan skor 3-2 mampu dipertahankan hingga peluit bubaran.
Wolfsburg finis di peringkat keempat dengan 61 poin dan Mainz naik satu strip ke urutan ke-12 dengan 39 poin.
Baca juga: Wolfsburg raih tiket terakhir Liga Champions kendati diimbangi Leipzig
Di Deutsche Bank Park, Eintrahct Frankfurt memastikan diri tak terkalahkan di kandang sendiri sepanjang musim ini, menyamai torehan tim juara Bayern Muenchen, seusai membekuk SC Freiburg 3-1.
Keunggulan yang dimiliki Frankfurt lewat penalti Andre Silva sempat dihapuskan oleh Freiburg melalui Jeong Woo-yeong.
Namun Almamy Toure merestorasi keunggulan Frankfurt tiga menit jelang bubaran waktu normal, sebelum Ragnar Ache mengunci kemenangan tuan rumah pada menit kedua injury time.
Frankfurt finis di urutan kelima dengan 60 poin dan memperoleh tiket Liga Europa musim depan, sedangkan Freiburg di posisi ke-10 dengan 45 poin.
Baca juga: Schalke jegal kesempatan Frankfurt masuk empat besar
Dalam pertandingan lainnya, TSG Hoffenheim menutup musim dengan kemenangan 2-1 atas Hertha Berlin di PreZero Arena.
Sempat tertinggal lebih dulu akibat gol Vladimir Darida, Hoffenheim mampu membalas melalui Sargis Adamyan sebelum Andrej Kramaric mengunci kemenangan pada menit pertama injury time.
Hoffenheim finis di urutan ke-11 dengan 43 poin, sedangkan Hertha tiga strip dan delapan poin di bawahnya.
Baca juga: Union rebut tiket Eropa terakhir seusai menang dramatis atas Leipzig
Baca juga: Bayern tutup musim cukur Augsburg, Lewandowski patahkan rekor top skor
