Sempat tertinggal lebih dulu karena gol Lucas Alario, Bayern membalasnya empat kali beruntun melalui Kingsley Coman, Leon Goretzka, Serge Gnabry dan Robert Lewandowski, sebelum Florian Witz mencetak gol pelipur lara tuan rumah.
Kemenangan meyakinkan itu membuat Bayern yang berada di puncak klasemen kini mengoleksi 70 poin atau unggul 10 poin atas Borussia Dortmund (60) yang baru main di laga lebih larut.
Sedangkan Leverkusen (56) tertahan di urutan kelima, gagal memanfaatkan kekalahan Borussia Moenchengladbach (56) sehari sebelumnya, demikian lansiran laman resmi Liga Jerman.
Baca juga: Chelsea dilaporkan aktifkan klausa pembelian Werner
Baca juga: Sancho, Akanji didenda karena tak gunakan masker saat potong rambut
Absennya Kai Havertz awalnya dikira tidak akan berdampak bagi Leverkusen yang berhasil membuka keunggulan sembilan menit setelah pertandingan dimulai kala Alario menaklukkan kiper Manuel Neuer di tiang dekat usai menerima umpan terobosan dari Julian Baumgartlinger.
Gol itu awalnya disambut hakim garis yang mengangkat bendera pertanda offside, tetapi wasit kemudian meninjau VAR dan mengkonfirmasi keabsahan keunggulan Leverkusen tersebut.
Leverkusen terus berusaha memanfaatkan gelombang serangan balik mengimbangi dominasi tamunya, tetapi Bayern akhirnya menyamakan kedudukan pada menit ke-27 kala Coman melepaskan tembakan melengkung yang tak terjangkau kiper Lukas Hradecky dan melesak ke pojok kanan bawah gawang.
Pertandingan tiba-tiba menjadi lebih sarat kontak fisik sehingga memaksa wasit mengeluarkan empat kartu kuning dalam kurun waktu 10 menit berikutnya. Tiga menit jelang turun minum Bayern sukses berbalik unggul.
Goretzka menerima umpan tarik dari Thomas Mueller dan melepaskan tembakan yang meluncur di bawah lengan kiri Hradecky. Leverkusen satu, Bayern dua.
Tepat di pengujung babak pertama, Bayern memperbesar keunggulannya menjadi 3-1 lewat sontekan dingin Gnabry yang memperdaya Hradecky.
Baca juga: Bagi Kimmich, semua pesepak bola harus menentang rasisme
Baca juga: Pemain Bayern terima pemotongan gaji hingga akhir musim
Tuan rumah berusaha bangkit di awal paruh kedua, tapi usaha mereka sia-sia. Malahan pada menit ke-66, Lewandowksi mencetak gol keempat Bayern melalui sundulannya menyambut umpan silang Mueller. Gol itu sekaligus menandai gol ke-44 Lewandowski di semua kompetisi serta assist ke-20 Mueller di Liga Jerman.
Semenit jelang bubaran, sebuah gol cantik dicetak Wirtz demi menyarangkan bola ke pojokan gawang, tapi remaja 17 tahun itu hanya bisa memperkecil jarak kekalahan Leverkusen 2-4.
Pekan berikutnya, Bayern akan menjamu Gladbach pada Sabtu (13/6), sedangkan Leverkusen baru main sehari berselang di kandang Schalke 04.
Susunan pemain:
Bayer Leverkusen (3-4-3): Lukas Hradecky; Aleksandar Dragovic, Sven Bender, Edmond Tapsoba; Nadiem Amiri (Kerem Demirbay), Julian Baumgartlinger (Paulinho), Charles Aranguiz, Leon Bailey (Wendell); Karim Bellarabi (Florian Wirtz), Lucas Alario (Kevin Volland), Moussa Diaby
Pelatih: Peter Bosz
Bayern Muenchen (4-2-3-1): Manuel Neuer; Benjamin Pavard, Jerome Boateng, David Alaba, Alphonso Davies (Lucas Hernandez); Joshua Kimmich, Leon Goretzka (Javi Martinez); Kingsley Coman (Ivan Perisic), Thomas Mueller, Serge Gnabry (Thiago Alcantara); Robert Lewandowski
Pelatih: Hansi Flick
Baca juga: Frankfurt paksa Bremen mendekam di zona degradasi
Baca juga: Polter tidak akan perkuat Union Berlin pada sisa musim ini