Murray, juara dua kali dalam turnamen tersebut, tidak pernah mendekati performa yang dia tunjukkan pada hari sebelumnya saat mengalahkan petenis Jepang Taro Daniel, yang berlangsung kurang dari satu jam melawan unggulan kedua itu.
Petenis berusia 34 tahun itu membawa Bautista-Agut untuk melakukan deuce pada servis di gim pembuka tetapi hanya berhasil mengumpulkan lima poin lagi pada set tersebut.
Murray menahan servisnya untuk menguasai permainan pada awal set kedua, tetapi Bautista Agut merebut lima gim berikutnya untuk melaju ke perempat final.
Pertandingan tersebut adalah kekalahan terberat bagi juara tiga kali Grand Slam, Murray, sejak hanya menang satu set melawan Roger Federer dalam ATP Finals di London pada 2014.
Sementara itu, unggulan teratas Denis Shapovalov mencapai delapan besar dengan kemenangan 6-4, 6-0 atas petenis Slovakia Alex Molcan.