Penangkapan itu dilakukan sehari setelah sebuah pengadilan menyetujui pembebasan Musharraf dengan jaminan untuk sebuah kasus lain, lapor AFP.
"Kami menempatkan Jenderal Musharraf dalam penahanan rumah untuk sebuah kasus yang melibatkan operasi militer terhadap sebuah masjid di Islamabad," kata Muhammad Rizwan, seorang pejabat senior kepolisian Islamabad, kepada wartawan.
"Kami akan mengajukannya ke pengadilan pada Jumat," tambah Ridwan, setelah mengunjungi vila mewah Musharraf di pinggiran Islamabad yang telah dinyatakan sebagai tempat penahanan rumah.
Mahkamah Agung Pakistan hari Rabu menyetujui pembebasan Musharraf dengan jaminan terkait kasus kematian seorang pemimpin pemberontak -- sebuah langkah yang dianggap para pengamat semakin mengarah pada kemungkinan pembebasannya setelah penahanan rumah hampir enam bulan.
Ia sudah memperoleh jaminan untuk dua kasus besar lain, termasuk satu kasus terkait pembunuhan mantan Perdana Menteri Benazir Bhutto.
Seorang juru bicara partai mengkonfirmasi penangkapan Kamis itu dengan mengatakan, pihaknya akan mengajukan permohonan pembebasan dengan jaminan untuk kasus terakhir itu.
"Ya. Polisi secara resmi menangkap Jenderal Musharraf dan menempatkannya dalam penahanan rumah. Kami akan segera mengajukan permohonan pembebasannya dengan jaminan," kata Muhammad Amjad, sekretaris jendral All Pakistan Muslim League (APML), partai kubu Musharraf, kepada AFP.
Mantan pemimpin Pakistan itu tetap menjadi tokoh kontroversial selama hampir lima tahun setelah ia mengundurkan diri karena menghadapi proses pemakzulan.
Semasa bertugas, Musharraf adalah sekutu utama AS dalam "perang melawan teror", sebuah aliansi yang sangat kontroversial di Pakistan, dan ia selamat dalam sedikitnya tiga usaha pembunuhan oleh Al Qaida.
Putra Benazir, Bilawal Bhutto Zardari, ketua Partai Rakyat Pakistan, menuduh Musharraf membunuh ibunya.
Pada 2010, sebuah laporan PBB mengatakan bahwa kematian Benazir seharusnya bisa dicegah dan menuduh pemerintah Musharraf gagal memberi almarhumah perlindungan yang memadai.
Pakistan dilanda serangan-serangan bom bunuh diri dan penembakan yang menewaskan lebih dari 5.200 orang sejak pasukan pemerintah menyerbu sebuah masjid yang menjadi tempat persembunyian militan di Islamabad pada Juli 2007.
Kekerasan sektarian meningkat sejak gerilyawan Sunni memperdalam hubungan dengan militan Al Qaida dan Taliban setelah Pakistan bergabung dalam operasi pimpinan AS untuk menumpas militansi setelah serangan-serangan 11 September 2001 di AS.
Pakistan juga mendapat tekanan internasional yang meningkat agar menumpas kelompok militan di wilayah baratlaut dan zona suku di tengah meningkatnya serangan-serangan lintas-batas gerilyawan terhadap pasukan internasional di Afghanistan.