Mikroalga sangat potensial untuk dikembangkan sebagai bahan baku biofuel karena pemanfaatan mikroalga tidak bersaing dengan pemenuhan kebutuhan pangan manusia. Selain itu, mikroalga mengandung karbohidrat--kandungan penting yang dibutuhkan untuk menghasilkan bioetanol.

Kandungan karbohidrat pada mikroalga berkisar 5-67,9 persen dan diperkirakan dapat menghasilkan bioetanol sekitar 38 persen, demikian kata Luthfi Assadad, peneliti dari Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan (Balitbang KP).

Dalam publikasi Applied Energy edisi 86 tahun 2009, bioetanol bisa dibuat dari tiga sumber utama: bahan yang mengandung sukrosa (tebu, gula, bit, sorgum, dan buah), pati (jagung, gandum, padi-padian, kentang, ubi kayu), serta biomassa yang mengandung lignoselulosa (kayu, jerami, rerumputan).

Karbohidrat pada mikroalga berbeda-beda tergantung spesies dan kondisi lingkungan hidupnya, demikian ditulis dalam publikasi Squalen, Buletin Pascapanen Bioteknologi Kelautan dan Perikanan tahun 2008. Dan di mikroalga, karbohidrat terletak di dinding sel dan sitoplasma.

Penggunaan mikroalga sebagai bahan baku biofuel mempunyai beberapa keuntungan jika dibandingkan dengan tanaman pangan:

1. Pertumbuhan yang cepat
2. Produktivitas tinggi--gandum hasilkan 2.500 liter/hektar, jagung 3.500 liter/hektar, tebu 6.000 liter/hektar, mikroalga sekitar 20.000 liter/hektar.
3. Dapat menggunakan air tawar dan air laut
4. Tidak berkompetisi dengan produksi bahan pangan
5. Konsumsi air yang rendah dan biaya produksi yang tidak terlalu tinggi.